La Congregación Cristiana Pueblo de Dios tuvo sus inicios en la ciudad de Asunción a mediados del año 1940 a través de Carmelo de Jesús Bogado, también conocido como el «Nuncio José». El mismo experimentó un cambio profundo en su vida al recibir y aceptar el llamado de Jesucristo, lo que lo llevó a dedicar su vida al Señor.
En ese mismo año se trasladó a la ciudad de Villa Rica siguiendo esa inspiración divina. No hallando la plenitud espiritual que buscaba, retornó a Asunción el día 11 de julio de 1944 junto con otros 187 seguidores dando así los primeros pasos para la formación de la Congregación Cristiana Pueblo de Dios. Un tiempo después, emigraron a la Argentina en busca de una mejor calidad de vida. Se establecieron en la ciudad de Laguna Blanca, Provincia de Formosa, y allí empezaron a difundir la palabra de Dios, aumentando así la cantidad de seguidores.
Entre los años 1963 y 1965, la congregación comenzó gradualmente su regreso a Paraguay, estableciéndose finalmente en la Colonia Repatriación. Este proceso de migración se realizó en base a una legislación promulgada por el gobierno nacional para fomentar la repatriación de paraguayos residentes en el extranjero. Desde la fecha hasta hoy, la iglesia ha experimentado un crecimiento constante, difundiendo incansablemente el mensaje de salvación en Cristo. Con el correr del tiempo los lideres espirituales y encargados de la congregación fueron cambiando, pero todo siguiendo el mismo mensaje de salvación.
Carmelo De Jesús Bogado “Nuncio José”, estuvo al frente del Pueblo de Dios como líder espiritual hasta el 3 de noviembre de 1970. Mariano Bobadilla, cuyo nombre espiritual fue “Santo Lucas” se unió a la congregación el 5 de setiembre del año 1946. Dirigió la institución desde el 5 de noviembre de 1970 hasta el 13 de octubre de 1991. En ese periodo se suscitó el momento de mayor cantidad de adhesión de fieles. Severiano Estigarribia, cuyo nombre espiritual fue “Santo Elías” se unió a la congregación el 5 de abril del año 1962 y Estuvo a cargo de la institución desde el 15 de octubre de 1991 hasta el 11 de octubre de 1995, periodo en el que se estableció la personería jurídica. Andrés Fretes, cuyo nombre espiritual fue “San Juan” se congregó al Pueblo de Dios el 9 de julio del año 1957. Lideró la institución desde el 15 de octubre de 1995 hasta el 22 de marzo de 2011, en su administración se dio lugar a la mayor expansión territorial. Epifanio Aguirre, cuyo nombre espiritual fue “San Pedro” recibió el sello del Espíritu Santo el 27 de noviembre del año 1958 y estuvo al frente del Pueblo de Dios como líder espiritual desde el 23 de marzo del 2011 hasta el 10 de diciembre de 2021. Julio César Caballero Ruiz, cuyo nombre espiritual es “San José”. Se congregó a esta comunidad cristiana el 11 de abril del año 1979 y se encuentra al frente del Pueblo de Dios como líder espiritual desde el 12 de diciembre del 2021 hasta la fecha.
La iglesia ha experimentado un crecimiento constante, difundiendo incansablemente el mensaje de salvación en Cristo, en más de 7 países con más de 20.000 adeptos.